子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素，全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是内膜损伤，粘连和缺如等。
子宫内膜薄的原因一：内分泌严重失调
子宫内膜，是指构成哺乳类子宫内壁的一层，对动情素和孕激素都起反应，因此可随着性周期发生显著的变化，妇科专家指出，动情素可引起子宫肥大，孕激素可促使子宫内膜发生特殊的妊娠初期变化，或改变子宫内膜的性质，使之具有产生蜕膜的能力。因此，内分泌严重失调就会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，导致子宫内膜薄。
单纯内分泌因素造成的子宫内膜薄，临床上可以用激素调整，适量的雌激素、孕激素可以在一定程度上增加子宫内膜的厚度，改善子宫内膜薄的症状。
子宫内膜薄的原因二：人工流产
人工流产是子宫内膜薄的最主要因素，专家指出，多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄，甚至有的患者做完人流手术后就没有来过月经，这说明，人流手术严重伤害了子宫内膜，造成子宫内膜薄。
妇科专家指出，因为人工流产造成的子宫内膜薄一般需要很长时间恢复，有的患者甚至无法恢复，因此，专家特别提醒患者一旦人流后月经没有按期来，就一定要就诊检查。
子宫内膜薄的原因三：子宫发育畸形
子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略，临床上，有的患者的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种因先天性畸形造成的子宫内膜薄一般临床上很难治疗。
