包皮里面长小疙瘩可能由毛囊炎、龟头炎、淋病、生殖器疱疹和尖锐湿疣等多种疾病引起。患者需要到医院进行相关检查，并按医生指导进行针对症疗法治疗。
1.毛囊炎：包皮毛囊阻塞或感染引起的炎症，易于感染细菌，使包皮呈现红、肿的症状。建议保持良好的个人卫生，避免过度清洁或刺激，可以使用外用抗生素药膏，如青霉素、头孢菌素等。
2.龟头炎：较多呈现为龟头红肿、分泌物增多、排尿疼痛等症状，需要及时治疗。建议使用涂擦甲硝唑或氯霉素软膏等，使用后应注意保持包皮清洁干燥。
3.淋病：感染淋球菌引起的性传播疾病，其症状包括生殖器长疱、排尿疼痛、尿道口分泌物多等。建议到专业性病门诊或皮肤科医院进行治疗，由医生根据病情开具抗生素等药物进行消炎治疗，如青霉素、头孢菌素、红霉素等。
4.生殖器疱疹：呈多发性小疱或疱疹，引起皮肤瘙痒、疼痛等症状，严重者可能导致膀胱炎等并发症。建议到皮肤科医院或性病门诊进行诊断和治疗，医生会根据病情给出相应的抗病毒药物（如阿昔洛韦）或中药方案。
5.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒引起的肉色或暗红色的小痣状突起物。建议患者到专业的皮肤科门诊或性病专科进行治疗，经验丰富的医生会根据患者的情况制订个人化的治疗方案，包括手术治疗或抗病毒药物，以达到最好的治疗效果。
需要提醒的是，在包皮内出现小颗粒可能是潜伏期较长的性病所致，应避免不安全性行为，确保个人卫生和防疫措施等。同时，应保持心情开朗，积极配合医生治疗，并注意婚姻家庭稳定。