1.与脊髓灰质炎鉴别 ATM发病时，常有脊髓休克期，表现为急性弛缓性麻痹，首先需要与脊髓灰质炎鉴别，大便病毒分离阴性方可除外。
2.与GBS相鉴别 也应与GBS相鉴别，尤其婴幼儿GBS检查感觉障碍平面而难以准确，但GBS无尿便障碍，锥体束征阴性是与ATM相鉴别要点。
3.视神经脊髓炎 当脊髓炎确诊后，应进一步区别有无视神经脊髓炎，一般说，尽管视神经脊髓炎可同时或在脊髓症状后数天出现视神经症状，但首次发现视神经症状，颇难预测是否为视神经脊髓炎，应重视随访。
4.与多发性硬化(MS)鉴别 本病可有多次复发，需与多发性硬化(MS)鉴别，MS是中枢神经自身免疫性疾病，临床表现多样，病程有缓解与复发，ATM与MS鉴别要点为：脑MRI结果正常，脑脊液中OB阴性，脊髓以外中枢神经电生理(VEP及ABR)结果均正常，故不考虑MS，而诊断复发ATM。
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