主要与霍乱、急性菌痢、沙门菌属感染、副溶血弧菌肠炎等鉴别，均依赖于病原学检查。
急性菌痢的临床表现是：发病时病人精神欠佳，少气懒言，食欲不振，腹泻严重者发生脱水征，加重病情。
沙门菌属感染的临应表现是：如果吃不洁东西后1～2天内，则会突然出现恶心、发热、腹痛、腹泻、呕吐等急性胃肠炎表现;这些症状一般会持续发热1周以上，除此之外，并没有明显系统症状，可能会有胃肠道表现，肝脾肿大;或是有局部病灶形成。
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